Задача:
Восстановить утраченные символические ссылки в папке /etc на ОС Debian Linux Wheezy 7.

Решение:
1. Загрузиться с другой системы, сделать chroot в систему с удалёнными ссылками.
2. Восстановить ссылки в каталоги /etc/rc?.d таким скриптом:
cd /etc/init.d
for name in *; do
        update-rc.d $name defaults || break
done
Повторить несколько раз, до исчезновения ошибок т.к. многие службы имеют зависимости и ссылки на них не восстанавливаются без восстановления ссылок на зависимости.

3. Восстановить ссылки на /etc/alternatives
update-alternatives --all
Придётся всё отщёлкать вручную.

4. Система должна загрузиться нормально после этого. Если не стартуют X-ы, то восстановить ссылку так: ln -s /usr/bin/Xorg /etc/X11/X

Пояснения:
После неправильных настроек rdiff-backup, резервная копия оказалась без символических ссылок, пришлось восстанавливать руками. Вроде бы всё работает, но кажется метсами шрифты перекосило, наверно не всё восстановил.
И ещё для поисковика, при таком раскладе система нормально не грузилась и писала имя машины (hostname) (none) (root@(none) или user@(none)). пол дня ломал голову, что случилось, а оказалось ссылки.

Ссылки:
sysv-rc: update-rc.d: Please add option to restore symlinks to factory defaults
documented oneliner to restore /etc/alternatives symlinks does not work
update-alternatives does not restore (lost) link for slave files in target location